中国科学院深海科学与工程研究所（以下简称“深海所”）是由中科院、海南省、三亚市三方共建的直属中科院的科研机构。2016年5月正式运行。 

2018年4月12日，习近平总书记视察深海所。按照总书记关于“加快建设海洋强国”的重要指示，深海所致力于在我国临近深海的前沿地区，开展深海科学研究和“深海进入、深海探测、深海开发”等关键技术和装备的研发，建设深海科学与工程的现代化基地和共享开放平台，推动国家深海重大装备在海南的集结，组建以海南为基地的陆海统筹的新时代国家深海科技战略力量。 

深海所现有各类人员400余人。科研体系由深海科学研究部、深海工程技术部和海洋装备与运行管理中心三个部分组成。重点集中在深海科学研究、深海关键技术与装备研发等方面。 

深海所积极探索机制创新，打造“立足海南、辐射全国”的深海科技创新“小核心、大网络”协同攻关体系，已与中科院内外100多家单位形成战略合作联盟。同时，发挥国家科技队的作用，积极参与海南自贸港建设，进驻崖州湾深海科技城，共同建设国家深海科技公共研发共享平台。 

经过不懈努力，深海所已逐渐成为国家深海重大装备的集结地。目前建有大型深海超高压模拟试验装置等岸基支持系统；拥有成体系的深海深渊着陆器；拥有“探索一号”“探索二号”两艘科考船（其中“探索二号”与海南省深海技术实验室共有）；作为用户单位，负责4500米载人潜水器“深海勇士”号和全海深载人潜水器“奋斗者”号的运行维护。

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