吉林出入境边防检查总站由国家移民管理局垂直领导管理，正局（厅）级，人民警察编制，加挂“吉林省公安厅边境管理总队”牌子。其前身为中国人民武装警察部队吉林省边防总队。主要担负出入国（边）境人员、交通运输工具出入境边防检查，口岸限定区域管理，审核签发外国人临时入境许可，实施边控工作，防范查处非法入出境活动；实施进出边境管理区人员、交通运输工具检查管理，边境地区治安、户籍管理，边境地区出入境通行证等签发管理，防范查处非法入出境活动，侦办妨害国（边）境管理犯罪案件，协助查处边境地区其他刑事犯罪活动。

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