研究所始建于1959年，原名中国科学院林业土壤研究所生物分所，后隶属于黑龙江省科学院，是黑龙江省内唯一专门从事微生物应用基础理论研究的公益二类事业单位。主要职责任务：承担特色微生物资源保护、发掘和利用；开展微生物学、微生物药物学、农业微生物学、应用真菌、发酵工程、功能食品等领域基础研究和应用，并为社会提供相关技术服务。现拥有1个国家级专业实验室、5个省级研发创新平台；微生物学、微生物药物学等2个省级领军人才梯队；1个生物学硕士点和博士后产业化基地。主办省微生物学会、省生物工程学会，出版核心期刊《生物技术》。

自建所以来，已取得300余项科技成果，成果达国际先进水平以上29项。获国家科技进步奖6项、省部级科技进步奖30项，发表论文600余篇，专利40余项，制定国家和省级标准9个。在食药用菌、微生物肥料、微生物农药、生物医药、健康食品等领域形成了专业特色和技术优势，为龙江经济产业发展提供科技引领和技术支撑，是省内重要科技人才基地。

研究所现有职工71人，60%以上具有硕士及以上学位，副高以上人员近40人。拥有国务院特贴专家1人，省政府特贴专家2人，国家、省产业技术体系专家4人，省杰青1人;省级学科梯队带头人2人，后备带头人4人；固定资产2600万元，占地面积20000m²。已连续四次获省级文明单位标兵称号。