中国科学院沈阳应用生态研究所成立于1954年，是以林业、农业、环境科学为基础的综合性应用生态学研究机构。现有森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程3个研究中心、1个国家工程实验室、1个国家地方联合工程实验室、2个中科院重点实验室、1个中科院工程实验室和5个省级重点实验室。在不同地带、不同类型地区设有8个野外站，其中吉林长白山森林生态系统国家野外科学观测研究站、辽宁沈阳农田生态系统国家野外科学观测研究站、湖南会同森林生态系统国家野外科学观测研究站、清原森林生态系统观测研究站为国家级野外台站、中国生态系统研究网络(CERN)站，乌兰敖都荒漠化试验站为国家林草局荒漠化防治监测站，大青沟沙地生态研究站、沈阳树木园（沈阳城市站）和额尔古纳森林草原过渡带生态系统研究站为所级站；同时，沈阳生态所还与国家林草局共建了长白山西坡站和额尔古纳湿地站，经国家林草局批复建设了城市生态站。此外，沈阳生态所还拥有东北地区最大的生物标本馆。