作为推动新千年基础科学研究的重要战略步骤和作为知识创新工程中的一个试点，中国科学院于1999年11月27日成立了神经科学研究所。神经科学研究所致力于神经科学基础研究的各个领域，包括分子、细胞和发育神经生物学、系统和认知神经科学科学、以及脑疾病机理和诊治手段研发。研究所的宗旨是建立一个现代化研究所的机制，提供一个有助于严谨科研工作，高效科研产出，良性科研合作的环境，实现以业绩为准的激励和资助评估系统，以及为研究生和博士后提供高质量的专业训练。2014年起，神经科学研究所在中科院体制与机制改革的框架下，成为中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(简称中科院脑智卓越中心)的依托单位。脑智卓越中心是跨学科、跨院校的组织（见另一网站:www.cebs.ac.cn）,旨在凝聚中科院内外的科研实力，通过团队合作和学科交叉融合，解决在脑科学和类脑智能技术两个前沿领域的重大问题。